試験概要
ChIP-seqとは、クロマチン免疫沈降 (Chromatin Immunoprecipitation; ChIP) と次世代シーケンサー (NGS) を用いたシーケンスを組み合わせた手法であり、転写因子やヒストンなどのタンパク質とDNAとの相互作用をゲノムワイドに明らかにする解析です。目的のタンパク質に特異的に結合する抗体を用いて、免疫沈降させた濃縮DNAサンプルの配列をNGSでシーケンスすることで、目的タンパク質のDNA結合領域を網羅的に調べることができます。
ChIP-seqはエピゲノム研究における重要な手法の一つですが、ChIP操作の煩雑さなどにより、安定した結果を得るのが難しい試験でもあります。弊社では、シーケンス前に、DNAの断片化確認・免疫沈降確認・特定DNA領域の濃縮確認などを行うことで、より信頼性の高いデータを得られるように努めております。また、取得したデータ自体の解析・解釈のみならず、既存のChIP-seqやRNA-seqデータとのメタ解析など、委託者様の目的やご要望に合わせた試験・解析を提供いたします。
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試験の流れ
解析例
●ヒトiPS細胞における転写因子OCT4のChIP-seq
※博士号保持者が中心となって試験を担当します。
